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| 年 | 代表校 |
| 1947 | 長崎工 | | | |
| 1948 | 海星 | | | |
| 1949 | 長崎西 | | | |
| 1950 | 長崎西 | | | |
| 1951 | 長崎商 | | | |
| 1952 | 海星 | 佐世保商 | 長崎商 | 長崎東 |
| 1953 | 長崎商 | | | |
| 1954 | 長崎東 | | | |
| 1955 | 長崎西 | | | |
| 1956 | 海星 | | | |
| 1957 | 海星 | | | |
| 1958 | 長崎南山 | | | |
| 1959 | 長崎南山 | | | |
| 1960 | 海星 | 西海学園 | 長崎南山 | |
| 1961 | 大崎 | | | |
| 1962 | 西海学園 | | | |
| 1963 | 長崎工 | | | |
| 1964 | 西海学園 | | | |
| 1965 | 海星 | | | |
| 1966 | 海星 | | | |
| 1967 | 海星 | | | |
| 1968 | 海星 | 佐世保工 | 長崎商 | |
| 1969 | 長崎北 | | | |
| 1970 | 佐世保工 | | | |
| 1971 | 諫早 | | | |
| 1972 | 海星 | | | |
| 1973 | 佐世保工 | | | |
| 1974 | 佐世保工 | | | |
| 1975 | 海星 | | | |
| 1976 | 海星 | | | |
| 1977 | 佐世保工 | 小浜 | 長崎日大 | |
| 1978 | 諫早 | | | |
| 1979 | 諫早 | | | |
| 1980 | 佐世保工 | | | |
| 1981 | 長崎工 | | | |
| 1982 | 佐世保工 | | | |
| 1983 | 佐世保実 | | | |
| 1984 | 佐世保実 | | | |
| 1985 | 海星 | | | |
| 1986 | 海星 | 長崎商 | 波佐見 | |
| 1987 | 諌早 | 瓊浦 | | |
| 1988 | 海星 | 瓊浦 | | |
| 1989 | 島原中央 | 島原南 | | |
| 1990 | 佐世保実 | 瓊浦 | | |
| 1991 | 国見 | 長崎日大 | | |
| 1992 | 長崎日大 | 長崎北 | | |
| 1993 | 佐世保工 | 波佐見 | | |
| 1994 | 長崎日大 | 瓊浦 | | |
| 1995 | 諌早 | 佐世保工 | 波佐見 | |
| 1996 | 佐世保実 | 創成館 | | |
| 1997 | 長崎日大 | 波佐見 | | |
| 1998 | 長崎日大 | 瓊浦 | | |
| 1999 | 佐世保実 | 波佐見 | | |
| 2000 | 海星 | 佐世保実 | | |
| 2001 | 海星 | 長崎南山 | | |
| 2002 | 海星 | 長崎日大 | | |
| 2003 | 清峰 | 波佐見 | | |
| 2004 | 佐世保北 | 長崎南山 | 島原中央 | 波佐見 |
| 2005 | 清峰 | 波佐見 | | |
| 2006 | 海星 | 長崎日大 | | |
| 2007 | 佐世保実 | 長崎商 | | |
| 2008 | 清峰 | 波佐見 | | |
| 2009 | 佐世保実 | 長崎商 | | |
| 2010 | 創成館 | 波佐見 | | |
| 2011 | 創成館 | 長崎日大 | | |
| 2012 | 創成館 | 長崎日大 | 佐世保実 | 諌早 |
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